За народними переказами, Мелецький монастир був заснований монахами Вербського монастиря, що поблизу м. Ковеля, які неодноразово човнами спускалися вниз по річці Турії, де пізніше й виник монастир. Це місце вражало своєю неповторною розкішною природою, дрімучими лісами. Відтак, від цього тихого і милого місця отримав назву й монастир, а пізніше і поселення, яке тут виникло.
За іншою ж легендою, назва монастиря Мільці походить від того, що в давнину на цьому місці, на річці Турії, недалеко від обителі, були водяні млини, слов’янською – «мельницы», скорочено – «мельцы», які з часом і дали назву монастирю.



Перша письмова згадка про Мілецький монастир датується 1522 роком і розповідає про те, що монастир є родинною обителлю князівського роду Сангушків. У 1532 році Мілецький монастир згадується вже як існуючий. Це видно з монастирських актів, які свідчать, що Василь Сангушко Ковельський здійснив заміну своїх сіл селами, які належали даному монастирю. Це і підтверджує, що він уже існував і володів маєтками.
За легендою, перебуваючи на полюванні біля монастиря в 1540 році, його вперше відвідав князь Федір Андрійович Сангушко, староста Володимирський і маршалок землі Волинської. Він боляче відреагував на вбогість монастиря, який знаходився серед заростей і боліт. Одночасно був дуже враженим подвигом мілецьких ченців. Тому, зворушений до глибини, князь Федір у 1542 році розпочинає будівництво церкви в пам’ять святителя Миколая одночасно наділяючи монастир фундушами маєтку, які складалися з населених сіл з усіма їх землями, сінокосами і озерами. Ось чому князь Федір Андрійович Сангушко і вважається фундатором Мілецького монастиря.



В 1636 році, коли на Волині тривала жорстока боротьба між православними та уніатами, які вже відкрито зазіхали на Мілецький монастир і його землі, Владислав Домінік, князь Острозький і Заславський, родич князів Сангушків, став на захист інтересів монастиря і щедро обдарував його. В наданій ним грамоті підтверджувалося, що села Ниці, Пісочне, Солов’ї, Комарове, Соколище, Шкроби, Підсинівка і містечко Мільці, з усіма їх землями, угіддями, доходами, заводами, будівлямиі прибутками належать і надалі Мілецькому монастирю. Вважаючи заповіт своїх предків священним, а церковне майно, принесене ними у власність монастирю, недоторканим, він своєю грамотою підтвердив всі попередні права і дарчі записи фундаторів монастиря – князів Сангушків – як особисто від себе, так і своїх синів Костянтина та Ісидора, князів Заславських.



У березні 1637 року Мілецький монастир відвідав Петро Могила і поставив настоятелем монастиря Йосифа Чаллиць-Шпаковського, возвівши його в сан архімандрита. Це засвідчує те, що Мілецький монастир був вагомим не лише на теренах Волині, але й у всій Речі Посполитій.
Та вже у другій половині ХVII ст. обставини для монастиря змінилися на гірше. Благодійники і покровителі обителі, нащадки князів Сангушків, чарез підступництво єзуїтів, зрадили своїй прабатьківській вірі й прийняли католицизм.
До 1707 року Мілецький монастир був православним, а з цього року в ньому насильно запа¬нувала унія. У1713 році він був перейменований вищою церковною владою уніатів у Мілецьке опатство. Католики називали свої багаті монастирі абатствами, а настоятелів абатами, по – місцевому – «опатами». Тепер уже настоятелі монастиря стали називатися не архімандритами чи суперіорами, а опатами, що підносило їхнє становище серед інших уніатських монастирів.



У 1839 році Меленький монастир був приєднаний до Православної Церкви. За штатним розписом 1842 року він був возведений у першокнасний, і в ньому належало бути: настоятелю (архімандриту), наміснику-ієромонаху, восьми ієромонахам, чотирьом ієродияконам, трьом монахам, п'яти послушникам і 24 служителям.
В 1914 році тут було братії 42 чоловіки. Під час першої світової війни в 1915 році монастир був евакуйований до міста Харкова.
В Мілецькому монастирі знаходилися дві особливо шановані ікони - Божої Матері і Святого Миколая.


В 1947 році монастир було закрито, а в його приміщеннях розмістилося спочатку сільськогосподарське училище, а згодом будинок-інтернат для інвалідів та престарілих. Богослужіння звершувалося тільки в Онуфріївському храмі на кладовищі, який став парафіяльним.
Минули атеїстичні часи і в 1994 році Мілецька обитель відродилася. Трудами братії монастир повстав з руїн і є нині духовною перлиною Полісся – святим місцем чернечого подвигу і молитви за весь світ.